يعد الزعتر علاجًا لكثير من الأمراض الشائعة التي يُصاب بها الإنسان كثيرًا، فهو علاج فعال للأنفلونزا ونزلات البرد وتقلصات المعدة، وآلام الدورة الشهرية للسيدات، كما أنه يقلل من انتفاخ البطن وأعراض الطمث،

وهو مهدئ طبيعي يساعد الأطفال على النوم، ولكبار السن يساعد على الشفاء من أمراض الروماتيزم وضمور العضلات والسكتة الدماغية وتصلب الشرايين والشلل. وللزعتر فوائد أخرى مع تكرار تناوله، فهو فعال ضد التهابات الجهاز التنفسي والهضمي، كما أنه يعالج الإسهال ومعظم التهابات الجهاز التناسلي عند السيدات،

كما أنه يساعد على استرخاء عضلات الشعب الهوائية وتخفيف الربو والسعال والتهابات الحنجرة والفم واللثة، كل ذلك باستخدام زيت الزعتر، كما أنه يعالج الجيوب الأنفية المزمنة عن طريق استنشاقه، ويعتبر الزعتر من الأعشاب الممتازة التي تعزز الشهية وتحسن الهضم وتساعد الكبد على القيام بوظائفه بشكل ممتاز.

ويمكن تناول الزعتر من خلال استخدامه كبهار مع الطعام، أو دهن زيت الزعتر على أجزاء من الجسم، كما أنه يمكن أن يتناول عن طريق الشرب، بغلي الماء ثم وضع بها الزعتر وتناوله لتخفيف آلام المعدة والطمث، أو استنشاق أوراقه لتوسيع الشعب الهوائية.