تلف الغشاء المخاطي للمعدة أو الأمعاء الذي يبطنها بواسطة حمض الهيدروكلوريك، وهو حامض يوجد في العصارة الهضمية بالمعدة ويفرز بشكل طبيعي. العدوي بـ (Bacterium Helicobacter pylori) والتي لها دور كبير في الإصابة بقرحتي المعدة والإثني عشر. وهذه البكتريا تنتقل بالعدوي من شخص لآخر عن طريق الطعام أو الماء الملوثين، وهنا يفيد المضاد الحيوي في علاج هذه القرحة بشكل فعال جداً. إصابة الغشاء المخاطي للمعدة. ضعف المناعة الدفاعية للسائل المخاطي يكون مسئولاً عن الإصابة بقرحة المعدة أيضاً. الإفراز المفرط لحامض الهيدروكلوريك. أسباب جينية متوارثة تعطي قابلية للإصابة بالمرض. الضغوط النفسية من العوامل التي تساهم في تكوين قرح الإثني عشر وتدهور حالاتها. الاستخدام المزمن للعقاقير المضادة للالتهاب مثل الأسبرين والكورتيكوستيرويد. تدخين السجائر، الذي يؤدي إلي تكون قرح المعدة وفشل العلاج.